Girdi, "pdb_fix" işinin çıktısı gibi eksik ağır atomu OLMAYAN bir PDB metni olmalı (önerilen akış: önce bir "Yapı hazırlama" işi çalıştırın, tamamlandığında sonuç ekranındaki "Minimizasyona gönder" butonunu kullanın).

Girdi, "energy_minimization" işinin çıktısı gibi CRYST1 kutu vektörlü solvatlanmış bir PDB metni olmalı (önerilen akış: bir minimizasyon işi tamamlandığında sonuç ekranındaki "Dengelemeye gönder" butonunu kullanın).

Girdi, "equilibration" işinin çıktısı gibi CRYST1 kutu vektörlü dengelenmiş bir PDB metni olmalı (önerilen akış: bir dengeleme işi tamamlandığında sonuç ekranındaki "Prodüksiyona gönder" butonunu kullanın).

Girdi, "production_run" işinin çıktısı gibi çok-model (MODEL/ENDMDL) bir PDB trajectory metni olmalı (önerilen akış: bir prodüksiyon işi tamamlandığında sonuç ekranındaki "Analiz et" butonunu kullanın). Bu adım GPU gerektirmez.

Hazırladığın GROMACS sistemini getir: parametreler (.mdp), yapı (.gro/.pdb), topoloji (.top) ve topolojinin #include ettiği kendi dosyaların (.itp). GROMACS'ın kendi kuvvet alanları (ör. amber99sb-ildn.ff) worker bilgisayarında hazır. Konum kısıtı (-DPOSRES) varsa referans yapı verilmezse başlangıç yapısı kullanılır.

UniProt kimliğini yaz (ör. P0CG48 — insan ubikitini). AlphaFold DB'deki hazır model indirilir; dışarı yalnızca bu herkese açık kimlik gider, kendi dizin gitmez.

Reseptör olarak hidrojenleri eklenmiş bir PDB önerilir (önce "Yapı hazırlama"). Ligandı SMILES olarak yaz ya da SDF/MOL2/PDB dosyası seç.

Kalıntı adı verilirse kutu o ligandın çevresine kurulur (+8 Å) ve ligand reseptörden çıkarılır. Hiçbiri verilmezse tüm protein aranır (kör docking - 30 Å üstü kutularda sonuç güvenilirliği düşer).